Đặc biệt, chùa Hà Tiên còn có một tên khác là “chùa cầu mưa”. Ngày xưa trong vùng thường xuyên hạn hán khiến đất đai cằn cỗi, cây cối tàn lụi. Người dân sống dựa vào nông nghiệp lâm vào cảnh đói khát, phải bỏ làng đi tha hương cầu thực. Tận mắt chứng kiến những khổ nạn đó, vị trụ trì chùa khi ấy là Tịnh Huân đã cho lập đàn tự hóa để cầu mưa. Theo đó, Sư tổ Thích Hải Huân đã nguyện tự thiêu để cầu mưa cho dân vào ngày 30/5 âm lịch. Sau khi phát nguyện trước Tam Bảo và đất trời, ngài đã tọa trong tư thế kiết già. Ngọn lửa thiêu đốt báu thân nhưng hai bàn tay ngài thì vẫn còn nguyên hình dáng. Ngài tự thiêu để cúng già chư thiên, cầu đảo cho dân. Ngài thiêu hôm 30/5 thì 1/6 mưa lớn, mưa kéo dài liên tiếp 3 ngày. Người dân địa phương cho hay, đến ngày giỗ của vị sư tổ, trời thường đổ mưa. Dân trong vùng tránh nạn hạn hán, mùa màng tươi tốt, đời sống no ấm quanh năm. Ghi nhận công ơn của bậc chân tu, người dân đã dựng ngôi bảo tháp ba tầng để lưu trữ xá lợi của ngài.

Hiện trong vườn bảo tháp của chùa có tất thảy tới 8 ngôi. Phần lớn những bảo tháp này hiện vẫn còn vẹn nguyên với 3 tầng chính. Tháp cao khoảng 3m, có 4 mặt, được dựng bằng gạch nung đỏ kết dính bằng một loại nguyên liệu tổng hợp từ nhựa cây kết hợp với đất sét nhão. Dù 8 ngôi đều lưu giữ báu thân của các vị cao tăng, tuy nhiên, ở khu vực tồn tại tháp của Sư tổ Hải Huân lại đặc biệt hơn do phần lớn khu vực được bao phủ bởi một cây sanh. Cây sanh này có rất nhiều rễ, bao trùm gần trọn 3 mặt phụ của bảo tháp. Trải qua nhiều thế kỷ cùng bao nắng dãi mưa dầm, cây sanh vẫn hiên ngang sừng sững như vậy.

II, TRÙNG HƯNG CHỐN TỔ:

Theo nhịp gõ của đôi vầng nhật nguyệt, do sự biến động đổi thay, cho đến khoảng giữa thế kỷ XX, chùa Hà bị hủy hoại hoàn toàn, đến khoảng những năm 60,70 của thế kỷ XX, nhân dân địa phương tận dụng những cơ sở công trình công cộng, bài trí tượng Phật, các đồ pháp khí còn lại làm nơi lễ Phật, cố gắng gìn giữ nơi chùa cảnh xưa để phục vụ nhu cầu tâm linh, tín ngưỡng của nhân dân trong vùng, vì thế chùa Hà tuy bị hủy hoại nhưng pháp luân vẫn luôn chuyển trong tâm thức của nhân dân,Phật tử gần xa, luôn kính ngưỡng về suối nguồn đạo đức, tâm linh.

Vào năm 2004, được sự thỉnh cầu của chính quyền, nhân dân Phật tử địa phương Thượng tọa Thích Minh Trí -  đã về trụ trì & khởi công trùng tu, xây dựng Chùa Hà Tiên. Không gian chùa hiện nay đã được trùng tu xây dựng lại với quy mô lớn, Qua Tam quan từ phía Đông Nam tới tả hữu môn, vòng quanh hành lang tới Tam Bảo, kiến trúc không gian mô phỏng tòa Bảo tháp 3 tầng. Từ sân lên đến chùa, phải bước qua 9 bậc thềm, gọi là “Cửu trùng”. Mái chùa uốn cong 4 góc, trên nóc có “Lưỡng Long Triều Nguyệt” . Phía sau là nhà thờ tổ, đối xứng hai bên có nhà tiếp khách và phòng trưng bày. Phật đường và nhà Mẫu cao lồng lộng, uy nghi, thể hiện sự vĩnh cửu, thanh tịnh và thiêng liêng. Mặt tiền sảnh là bộ cánh cửa bằng gỗ tứ thiết, chạm trổ công phu, phía trên đặt chấn song con tiện, bên dưới tạc phù điêu tứ quý cách điệu. Ván bưng áp mái, chạy suốt mặt tiền đại điện, có 5 khuôn chữ lớn, nét khắc tinh xảo và mẫu mực. Ba mặt tiền sảnh, tả vu và hữu vu chùa đều có hành lang, dựng cột đá lập phương liền khối, chạm trổ hoa văn uyển chuyển lồng ghép giữa các đồ án truyền thống Phật giáo Việt Nam và đồ án Phật giáo Kim Cương Thừa . 

Thực hiện tâm nguyện của Ân sư Hòa thượng Thích Viên Thành - Viện chủ chùa Hương khi còn tại thế, cùng tâm nguyện "Hoằng dương Chính Pháp - lợi lạc quần sinh" Thượng tọa Thích Minh Trí không chỉ hoằng dương giáo nghĩa Đại thừa mà còn xiển dương pháp môn Mật thừa (tức Kim cương thừa Phật giáo) cũng như hạnh ngộ Đức Căn Bản Thượng Sư - Đức Pháp Vương Gylwang Drukpa đời thứ XII thiết lập mối nhân duyên với Truyền thừa Drukpa. Từ đó đưa chùa Hà Tiên trở thành một trong những trung tâm hoằng pháp của dòng truyền thừa với lịch sử hơn 1000 năm phụng sự chúng sinh & nhân loại tại Việt Nam, thành lập Đạo tràng Kim Cương cho Phật tử thập phương về tu học.